Appleseed Alpha filmi; New York üçüncü Dünya Savaşı sonucunda yok olmanın eşiğine gelmiş ve hayatta kalma mücadelesi vermektedir. New York’ta bulunan bir grup askerden biri olan Deunan yaşam mücadelesini robot ortağı ile birlikte vermektedir. Diğer yandan ise efsanevi insan şehri Olympus’u bulmak için çaba sarf etmektedir…